Drie jaar na de drooglegging stelde het polderbestuur, toentertijd grotendeels bestaande uit vooraanstaande Amsterdammers, de bouwmeester Hendrick de Keyser aan om een kerk voor de Beemster te ontwerpen. De Keyser had in Amsterdam al de Zuider- en de Westerkerk ontworpen. Voor de nieuwe polder werd gekozen voor een nieuwe bouwvorm, een rechthoekige zaalkerk in Renaissancestijl met een ranke toren die tevens dienst kon doen als uitkijkpost bij (brand)gevaar. De toren was zelfs twee jaar voor de kerk zelf gereed, in 1621.

Overigens moest de toren al na enkele jaren opnieuw worden opgebouwd omdat deze door het inklinken van de bodem steeds verder verzakte. Pas in 1661 werd de acht-kantige spits op de toren geplaatst, naar een ontwerp van de vermaarde bouwmeester Pieter Post. Naast de kerk kwamen enkele gebouwtjes, zoals een consistorie voor de kerkenraad en een stovenkamer waar een vuurplaats was waar in de koude wintermaanden de verkleumde kerkgangers zich even konden warmen en de stoven met kooltjes werden gevuld om in de kerk geen koude voeten te krijgen.

In de loop van de tijd zijn in de kerk houten herenbanken geplaatst en gebrandschilderde ramen gemaakt die echter in de negentiende eeuw zijn verwijderd om meer licht in de kerk te krijgen. Sedert 1784 is een orgel in de kerk geplaatst, dat in 1908 werd vervangen door het huidige orgel. De oude uit 1621 daterende torenklok namen de Duitsers in de Tweede Wereldoorlog in beslag en deze is nooit meer teruggezien. Een nieuwe klok werd in 1948 in gebruik genomen. Onlangs is de kerk gerestaureerd. In de kerk zijn enkele bezienswaardige grafmonumenten en een bijzonder uurglas: een zandloper op koperen standaard, aan de kerk ten geschenke gegeven in 1756 ter herinnering aan de aardbeving van het jaar ervoor in Lissabon, waarbij tienduizenden doden vielen.

De Hervormde gemeente Beemster heeft sinds 1951 ook een kapel in Zuidoostbeemster naar een ontwerp van architect C.Bos.