De protestantse polderbestuurders konden niet voorkomen dat er onder de nieuwe bewoners van de Beemster ook veel rooms-katholieken waren. Vrij snel hadden deze een schuilkerk in een van de boerderijen waar een rondreizende priester de sacramenten kwam toedienen. Al in 1636 werd in de Beemster een statie gevestigd met een vaste priester. Deze statie was groter dan alleen de polder en omvatte ook een deel van het Schermereiland.

Westbeemster was het logische middelpunt hiervan, bovendien woonden aan de Jisperweg vanouds de meeste katholieken. Gekerkt werd in verschillende boerderijen, waaronder Elck zijn tijd (Volgerweg 16) en Vrederust (Volgerweg 42). Hoewel de uitoefening van de 'paapse' godsdienst eigenlijk verboden was, werden de katholieken op één uitzondering na - in 1657 deed de schout een inval en beboette dertig gelovigen - met rust gelaten. Zij moesten daarvoor wel jaarlijks ƒ 200 aan zgn.recognitiegeld betalen.

In 1752 waren er ruim 500 communicanten en werd in Westbeemster een kleine kerk gebouwd, gewijd aan Johannes de Doper. Omdat het wettelijk niet toegestaan was, mochten andersgezinden alleen laagbouw neerzetten, pas in 1827 werd het dak verhoogd. De nieuwe kerk kreeg al in 1780 een orgel en vijf jaar later werd een pastorie aangebouwd. Maar de katholieke gemeenschap moest nog bijna honderd jaar wachten op hun eigen kerk, die werd in 1879 ingewijd. Saillant detail is dat de aannemer zich dermate op de bouw had verkeken dat hij eraan failliet dreigde te gaan! Enkele jaren later verrees naast de kerk een klooster met school.

De monumentale kerk in Westbeemster werd enkele jaren geleden in oude luister hersteld. De kerk heeft een opvallend altaar, gebrandschilderde ramen en een bijzonder fraai orgel uit 1890.

Tegenover de kerk aan het Kerkplein is de oude schuilkerk nog aanwezig, als café De Kerckhaen.