Vanouds woonden in Waterland veel volgelingen van de Friese prediker Menno Simons (1496-1561). Zij werden mennonieten of doopsgezinden genoemd. Ondanks hun vredelievende karakter (ze gebruiken geen geweld en wapens en leiden een sober leven) werden doopsgezinden fel vervolgd en tijdens de Republiek werd hun religie niet erkend. Ook doopsgezinden moesten dus, net als katholieken, gebruikmaken van schuilkerken. Aanvankelijk gingen de doopsgezinden uit de Beemster in Oosthuizen ter kerke. Maar door de grote toename van het aantal Beemster doopsgezinden in de tweede helft van de achttiende eeuw ontstonden plannen voor een nieuw, stenen kerkgebouw in de Beemster.

In oktober 1784 werd aan de Middenweg de eerste steen gelegd, in de zomer daarna was de kerk klaar en werd ingewijd door predikant Hartogh, de eerste van drie generaties van die naam. In de negentiende eeuw is de broer van Multatuli, ds. P. Douwes Dekker, nog enige tijd predikant in de Vermaning geweest. In 1872 werd naast de kerk een nieuwe pastorie gebouwd. Het interieur van de kerk is sober, hoewel het een bijzonder orgel bezit, een Flaes-orgel uit 1887 dat door twee personen moet worden bediend. Het voorhuis van de kerk was voorheen de pastorie en is nu kosterswoning. Aan het plein zijn nog de voormalige paardenstal en diaconiehuizen te zien.